人工流产导致胚胎停止发育的原因较多，主要包括手术过程中的操作不当、术前检查不完善等非疾病因素，还可能是内分泌失调、生殖道感染、子宫内膜异位症、精子畸形或染色体异常等疾病因素所致。
一、非疾病因素
1.手术过程中的操作不当：如果在进行负压吸引时，选择的吸宫腔压力过大或者时间过长，可能会对子宫造成损伤而导致绒毛受损。另外，在进行刮宫术过程中若出现负压管脱垂的情况，则会对妊娠囊产生冲击力而使妊娠囊破损，进而引起孕妇出血和腹痛的症状，严重情况下还会诱发胚胎停止发育以及继发感染等情况发生。
2.术前检查不完善：如果女性本身患有妇科炎症，在未予以治疗的情况下则会增加术后感染的风险，从而会影响正常受孕，甚至会造成胚胎死亡。此外，如果女性年龄较大且存在高血压、糖尿病等基础性疾病，此时并不建议做人流手术，否则也会增加胚胎停止发育的发生概率。
二、疾病因素
1.内分泌失调：由于人工流产属于一种机械性刺激，可促使女性下丘脑-垂体-卵巢轴功能受到影响，进而影响自身内分泌水平。当体内激素分泌紊乱后就会打乱自身生理周期，致使排卵障碍，所以会出现胚胎停止发育的情况，并伴有月经推迟等症状。
2.生殖道感染：在做完人工流产以后若没有做好个人护理工作，如过早同房或者过早洗澡等，均容易受到细菌入侵而引起阴道炎、宫颈炎等感染。随着病情逐渐加重，还会诱发子宫黏连，不利于胚胎着床，因此会引起胚胎停止发育。