胚胎停止发育在临床上称为稽留流产或胚胎停育。如果是在怀孕早期出现胚胎停止发育的情况，在临床上主要通过药物治疗、人工终止妊娠的方法进行处理。
一、药物治疗
1.黄体支持：由于受精卵着床以后滋养细胞开始分泌血HCG，当血HCG达到一定水平时会引起子宫内膜的改变，为胚胎着床提供有利条件。在此期间需要给予孕激素的支持和拮抗，使体内雌激素与孕激素处于平衡状态，避免因雌激素水平过高而引起子宫内膜异常增生，并且能够抑制子宫收缩，以免导致先兆流产的发生。常用的药物有地屈孕酮片等，需遵医嘱使用。
2.免疫治疗：若女性存在反复自然流产的现象，则可能与免疫因素有关。对于此类情况可通过注射丙种球蛋白来暂时性封闭抗体，从而降低再次发生复发性流产的概率。
3.感染病原体治疗：若女性既往有宫腔操作史如人流手术、清宫术等，术后阴道分泌物增多、下腹痛等症状未缓解，考虑是细菌、病毒、支原体、衣原体等病原微生物感染所造成。此时应及时就诊明确病原菌后对症用药，比如细菌感染者可应用阿莫西林胶囊、头孢克肟分散片等抗生素类药物治疗；病毒感染者则需应用磷酸奥司他韦颗粒、利巴韦林片等抗病毒类药物治疗；支原体、衣原体感染患者常选择盐酸左氧氟沙星片、罗红霉素软胶囊等广谱抗菌素类药物治疗。
4.其他方面：孕妇还需要定期检查，了解胎儿生长发育状况，一旦发现异常及时采取干预措施。