导致胎儿停止发育的原因比较多，可分为胚胎因素和母体因素。如果在怀孕早期出现胚胎停止发育的情况，则属于稽留流产，常见的原因包括遗传学异常、环境因素等外部因素。
一、胚胎因素
1.染色体异常：是引起胚胎停止发育的常见原因，在孕囊或胎儿不同的发育时期，由于染色体结构和数目异常，可影响胚胎的正常发育而导致死亡，因此建议孕妇在备孕时进行双方染色体检查，并且避免吸烟、饮酒等不良习惯。
2.基因突变：指父母染色体上没有异常，但因外界刺激或自发性改变等原因，使某一拷贝发生了异常，从而改变了蛋白质表达而引起的疾病，也会造成胚胎停止发育。
3.子宫内膜损伤：如既往有过反复多次的人流刮宫史或者清宫术，以及有产后出血、长期服用抗排卵药物等情况，均有可能会导致胚胎停止发育。
4.嵌合体：是指一个胚胎细胞群中同时存在着两个不同类型的细胞系，其形成与受精过程中精子和卵子结合不完全有关，也可表现为双胞胎或多胞胎之一的胚胎停止发育。
5.原发性不孕症：是指从未妊娠过，即使给予恰当治疗也无法获得成功妊娠的女性，可能是卵巢功能障碍所致。
6.特纳综合征：是一种性染色体变异导致的先天性疾病，发病率约为 1:2000-5000 ，患者无阴道、无子宫、身材矮小、智力低下。
7.其它情况：如男性精索静脉曲张、严重感染、高热、严重的全身性疾病、内分泌功能紊乱、子宫肌瘤较大等因素，均可导致胚胎停止发育。