对于症状较轻的患者，如无生育要求且处于稳定期，则无需进行特殊治疗。而对于有明显临床表现或年轻、有生育要求者可采取药物治疗，若经药物治疗无效则应行腹腔镜或开腹性手术治疗。
一、药物治疗
1.孕激素：通过抑制子宫内膜周期性增生和脱落进而发挥治疗作用，常用药物包括甲羟孕酮、黄体酮等，但停药后易复发。
2.雌激素：可用于改善绝经后患者的不适症状及退变性骨关节炎病人的疼痛，常用药物为炔诺酮片。
3.非甾体类抗炎药：适用于存在盆腔痛、肌肉痛等症状的患者，常见药物包括布洛芬缓释胶囊、吲哚美辛肠溶片等。
4.达那唑：该药具有抗雌激素活性，能显著减少经量，改善伴月经相关痛经的症状，并能减轻严重盆腔疼痛。此外，还可用于术后预防复发，一般连续用药3个月以上。
5.左炔诺孕酮宫内节育系统：是一种新型的避孕装置，不仅能够抑制子宫内膜生长，还能阻止受精卵着床而达到避孕的作用。
二、手术治疗
1.腹腔镜手术：是目前子宫内膜异位症的主要治疗方法之一，其优点在于对周围组织的损伤小、恢复快、疗效好。主要术式包括保留卵巢功能手术和根治性手术两种类型。
(1)保留卵巢功能手术：即保守性手术，适合于年轻、有生育要求者，特别是深部浸润部位的病灶以及合并较大的卵巢囊肿者。具体术式包括怀疑有恶性的可行患侧附件切除；局部病灶局限在直肠、结直肠或其他盆腔器官者，行病灶切除术；同时合并有不孕不育者，可行输卵管卵巢切除术。